Bien que modestes, proches de 20 000 t, les trafics bayonnais avec l’Afrique de l’Ouest n’en ont pas moins doublé par rapport à 2014 (8 500 t), mais sans atteindre le niveau de 2013 (30 000 t). L’essentiel de ce trafic est réalisé à l’import (19 360 t) pour réapprovisionner l’hinterland agricole, avec plus de 10 000 t constituées par des entrées d’engrais (urée) en provenance du Nigeria, trafic régulier depuis quelques années mais qui varie énormément. En 2014, ces imports d’engrais en provenance du Nigeria n’atteignaient que 2 500 t, contre 18 000 t en 2013 (urée ou DAP-phosphate d’ammoniac). « C’est un secteur très dépendant du marché, des cours et du coût de la matière première, ce qui entraîne de grandes variations sur les provenances », note Georges Strullu du port de Bayonne. De fait, en 2015, les flux d’engrais (deuxième poste du port de Bayonne) se sont maintenus autour de 500 000 t, mais avec des provenances comme le Qatar ou la Syrie et non l’Afrique occidentale.
L’autre marchandise traditionnelle importée de cette zone africaine est le bois, avec des entrées en 2015 à hauteur de 8 800 t de grumes exotiques en provenance de Guinée équatoriale. Un tonnage en hausse en provenance de ce pays, qui est passé de 2 500 t en 2013 à 6 000 t en 2014. En revanche, aucun import de grumes exotiques n’a été opéré depuis fin 2013 avec des pays comme le Cameroun et le Liberia, sollicités auparavant. Le port de Bayonne s’est plutôt tourné vers l’Algérie pour cet approvisionnement complémentaire en bois exotique.
Enfin, à l’export, le port de Bayonne enregistre des sorties spots de colis lourds, soit par exemple en 2015 des shelters métalliques expédiés au Congo.